La molécule de trypsine possède deux domaines : l'un est lié au site actif de l'enzyme et aux résidus de tryptophane ; l'autre est lié à la liaison du 8-anilinonaphtalène-1-sulfonate.
Application :
Une approche expérimentale utilisant le SDS-PAGE, la digestion à la trypsine dans le gel et l'analyse protéomique a permis d'identifier cinq protéines endosomales. Le clivage à la trypsine de la protéine E5 du HPV-16 à haut risque (16E5) génère un peptide C-terminal unique de quatre acides aminés qui sert de marqueur pour l'expression de la protéine E5 dans les cellules transfectées et les lignées cellulaires épithéliales contenant de l'ADN HPV-16 intégré et épisomal.