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Cited in 3 peer-reviewed publications across chromatography, organic synthesis, and cross-coupling reactions.
Acides carboxyliques fluorescents et leurs esters de succinimidyle
Les esters de succinimidyle se sont avérés être les meilleurs réactifs pour les modifications d'amines car les liaisons amides formées sont essentiellement identiques et aussi stables que les liaisons peptidiques naturelles. Ces réactifs sont généralement stables et présentent une bonne réactivité et sélectivité avec les amines aliphatiques. Quelques facteurs doivent être pris en compte lorsque les composés SE sont utilisés pour la réaction de conjugaison :
1). Solvants : la plupart des colorants réactifs sont des molécules hydrophobes et doivent être dissous dans du diméthylformamide (DMF) ou du diméthylsulfoxyde (DMSO) anhydre.
2). PH de réaction : les réactions de marquage des amines avec les esters de succinimidyle dépendent fortement du pH. Les réactifs aminés réagissent avec les groupes amines aliphatiques non tamponnés, y compris les amines terminales des protéines et les groupes e-amino des lysines. Les réactions d'acylation des amines sont donc généralement effectuées à un pH supérieur à 7,5. Les modifications de protéines par des esters de succinimidyle peuvent généralement être effectuées à un pH compris entre 7,5 et 8,5, tandis que les isothiocyanates peuvent nécessiter un pH compris entre 9,0 et 10,0 pour des conjugaisons optimales.
3) Tampons de réaction : les tampons contenant des amines libres telles que le Tris et la glycine et les composés thiols doivent être évités lors de l'utilisation d'un réactif réactif aux amines. Les sels d'ammonium (tels que le sulfate d'ammonium et l'acétate d'ammonium) qui sont largement utilisés pour la précipitation des protéines doivent également être éliminés (comme la viadinlyse) avant d'effectuer les conjugaisons de colorants.
4). Température de réaction : la plupart des conjugaisons sont effectuées à température ambiante. Cependant, une température élevée ou réduite peut être nécessaire pour une réaction de marquage particulière.
Caractéristiques et applications biologiques
le 5-TAMRA est le seul isomère purifié du 5(6)-TAMRA. Il est largement utilisé pour marquer les peptides et les protéines. Il est préféré pour certaines applications biologiques complexes où la reproductibilité est plus importante que le coût du matériau, car la différence de position mineure entre le 5-TAMRA et le 6-TAMRA peut affecter certaines propriétés biologiques des conjugués sous-jacents.
Paramètre du produit
Ex(nm):541
Em(nm):568
Références
1. Evans NA, et al (2001). Visualisation des différences dans les interactions bêta-arrestin-GFP induites par les ligands et le trafic entre trois récepteurs couplés aux protéines G récemment caractérisés. J Neurochem77, 476-85.
2. Hahn, M., et al, Influence of fluorophor dye labels on the migration behavior of polymerase chain reaction-amplified short tandem repeats during denaturing capillary electrophoresis.Electrophoresis2001, 22, 2691-700.
3. Yoo H et Juliano RL (2000). Enhanced delivery of antisense oligonucleotides with fluorophore- conjugated PAMAM dendrimers (livraison améliorée d'oligonucléotides antisens avec des dendrimères PAMAM conjugués à des fluorophores). Nucleic Acids Res28, 4225-31.
| Pubchem Sid | 504761672 |
|---|---|
| Pubchem Sid Url | https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/substance/504761672 |
| Sourires canoniques | CN(C)C1=CC2=C(C=C1)C(=C3C=CC(=[N+](C)C)C=C3O2)C4=C(C=C(C=C4)C(=O)[O-])C(=O)O |
| IUPAC Name | 3-carboxy-4-[3-(dimethylamino)-6-dimethylazaniumylidenexanthen-9-yl]benzoate |
| InChIKey | YMZMTOFQCVHHFB-UHFFFAOYSA-N |
| INCHI | 1S/C25H22N2O5/c1-26(2)15-6-9-18-21(12-15)32-22-13-16(27(3)4)7-10-19(22)23(18)17-8-5-14(24(28)29)11-20(17)25(30)31/h5-13H,1-4H3,(H-,28,29,30,31) |
| Isomères SMILES | CN(C)C1=CC2=C(C=C1)C(=C3C=CC(=[N+](C)C)C=C3O2)C4=C(C=C(C=C4)C(=O)[O-])C(=O)O |
| WGK Allemagne | 3 |
| Poids moléculaire | 430.45 |
| Reaxy-Rn | 27597948 |
| Reaxys-RN_link_address | https://www.reaxys.com/reaxys/secured/hopinto.do?context=S&query=IDE.XRN=27597948&ln= |
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| Kingdom | Organic compounds |
|---|---|
| Superclass | Organoheterocyclic compounds |
| Classe | Benzopyrans |
| Subclass | 1-benzopyrans |
| Intermediate Tree Nodes | Dibenzopyrans |
| Direct Parent | Xanthenes |
| Alternative Parents | M-phthalic acid and derivatives Benzoic acids Benzoyl derivatives Dialkylarylamines Dicarboxylic acids and derivatives Secondary ketimines Heteroaromatic compounds Amino acids Carboxylic acid salts Oxacyclic compounds Carboxylic acids Hydrocarbon derivatives Organic oxides Organic salts Organic zwitterions Organooxygen compounds Organopnictogen compounds |
| Molecular Framework | Aromatic heteropolycyclic compounds |
| Substituents | Xanthene - Meta_phthalic_acid - Benzoic acid or derivatives - Benzoic acid - Benzoyl - Dialkylarylamine - Tertiary aliphatic/aromatic amine - Monocyclic benzene moiety - Dicarboxylic acid or derivatives - Benzenoid - Heteroaromatic compound - Secondary ketimine - Amino acid or derivatives - Amino acid - Carboxylic acid salt - Tertiary amine - Carboxylic acid derivative - Oxacycle - Carboxylic acid - Organic salt - Organic nitrogen compound - Amine - Hydrocarbon derivative - Organic oxide - Organopnictogen compound - Organic oxygen compound - Organic zwitterion - Organonitrogen compound - Organooxygen compound - Aromatic heteropolycyclic compound |
| Description | This compound belongs to the class of organic compounds known as xanthenes. These are polycyclic aromatic compounds containing a xanthene moiety, which consists of two benzene rings joined to each other by a pyran ring. |
| External Descriptors | xanthenes |
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| Lot Number | Certificate Type | Date | Article |
|---|---|---|---|
| Certificate of Analysis | Sep 14, 2026 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | Sep 07, 2026 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | Sep 07, 2026 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | Jun 11, 2026 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | May 18, 2026 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | Apr 02, 2026 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | Mar 18, 2026 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | Feb 04, 2026 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | Jan 20, 2026 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | May 11, 2023 | C272928 | |
| Certificate of Analysis | May 11, 2023 | C272928 |
| Sensibilité | Light and moisture sensitive |
|---|---|
| Point d'éclair (°F) | 92.5 °C |
| Point d'éclair (°C) | 92.5°C |
| Poids moléculaire | 430.500 g/mol |
| XLogP3 | 3.200 |
| Hydrogen Bond Donor Count | 1 |
| Hydrogen Bond Acceptor Count | 6 |
| Rotatable Bond Count | 3 |
| Exact Mass | 430.153 Da |
| Monoisotopic Mass | 430.153 Da |
| Topological Polar Surface Area | 92.900 Ų |
| Heavy Atom Count | 32 |
| Formal Charge | 0 |
| Complexity | 875.000 |
| Isotope Atom Count | 0 |
| Defined Atom Stereocenter Count | 0 |
| Undefined Atom Stereocenter Count | 0 |
| Defined Bond Stereocenter Count | 0 |
| Undefined Bond Stereocenter Count | 0 |
| The total count of all stereochemical bonds | 0 |
| Covalently-Bonded Unit Count | 1 |
| 1. Yijun Luo, Yuxia Luo, Yuxi Liu, Yin Huang, Ping Yu, Hao Ma, Xinping Li, Zhao Zhang, Cuiling Zhang, Chaohao Chen, Philip A. Gale, Guochen Bao. (2024) A Hybrid Strategy to Enhance Small-Sized Upconversion Nanocrystals. BIOSENSORS & BIOELECTRONICS, [PMID:39657555] [10.1016/j.bios.2024.117003] |
| 2. Yajing Yang, Fenglin Li, Dayin Sun, Yilan Ye, Zhenzhong Yang. (2024) Large-Scale Synthesis of Reactive Janus Inorganic/Polymer Colloidal Dimer. MACROMOLECULES, [PMID:] [10.1021/acs.macromol.3c02334] |
| 3. Li Shuo, Xu Bing, Lu Ming-jun, Wu Qian-wen, Qin Wen-qing, Dai Zi-qi, Li Xiao-jiao-yang, Bai Jin-zhao, Lei Hai-min, Liu Run-ping. (2026) A sinomenine derivative protects life-threatening inflammatory injuries via covalently binding to a novel allosteric inhibition site of IRF3. ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, [PMID:41545756] [10.1038/s41401-025-01723-3] |